ショップ側の利用の流れを教えて...

自動オーソリタイプの場合は、管理画面上の売上請求ボタンを押せば完了です。再オーソリタイプの場合は、管理画面上で代金を入力後再オーソリの後に、売上請求を押せば完了です。